巡逻部队：指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐，由“伊—19”号、“伊—21”号和“伊—23”号三艘潜艇组成，在编队航线前方航行，担负侦察警戒。

中途岛破袭部队：指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐，由“潮”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛牵制美军。

补给部队：由“极地丸”、“极东丸”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”、“东邦丸”、“东荣丸”和“日本丸”等七艘油船组成，负责为编队进行海上加油。

在大部队出之前，日本先派出了先遣编队，指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将。这些部队分别是：

第一潜艇部队：指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将，下辖“伊—9”号、“伊—15”号、“伊—17”号、和“伊—25”号四艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。

第二潜艇部队：指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将，下辖“伊—1”号、“伊—2”号、“伊—3”号、“伊—4”号、“伊—5”号、“伊—6”号和“伊—7”号七艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。

第三潜艇部队：指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将，下辖“伊—8”号、“伊—68”号、“伊—69”号、“伊—7o”号、“伊—71”号、“伊—72”号、“伊—73”号、“伊—74”号、“伊—75”号九艘潜艇，在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。

特别攻击部队：指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐，下辖“伊—16”号、“伊—18”号、“伊—2o”号、“伊—22”号和“伊—24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下射鱼雷进行攻击。

要地侦察部队：由两艘潜艇组成，“伊—1o”号侦察斐济、萨摩亚群岛，“伊—26”号侦察阿留申群岛。这些潜艇主要是密切注意美军的动静，以及时反馈给司令部。但是这些部队并没有起到很好的作用！

补给部队：由“隐户丸”、“东亚丸”、“新玉丸”、“第二天洋丸”、“日立丸”、“富士山丸”六艘油船组成，部署在本土和夸贾林群岛，为先遣部队的潜艇提供燃油补给。

相对于准备好的日军，美军的准备有些不足，当时美军在珍珠港所有舰艇有3艘航母（企业号、列克星敦号、萨拉托加号）、9艘战列舰（宾夕法尼亚号、加利福尼亚号、马里兰号、俄克拉荷马号、田纳西号、西弗吉尼亚号、亚利桑纳号、内华达号、科罗拉多号）、2o艘巡洋舰、69艘驱逐舰和27艘潜艇。

在日军进攻之时珍珠港在泊舰艇：8艘战列舰（宾夕法尼亚号、加利福尼亚号、马里兰号、俄克拉荷马号、田纳西号、西弗吉尼亚号、亚利桑纳号、内华达号）、3艘轻巡洋舰、3艘水上飞机供应舰、29艘驱逐舰。另外还有轻巡洋舰4艘、驱逐舰3艘在船坞维修。很神奇的没有一艘航母在港内！