后金军终于退了，崇祯让孙承宗主持辽事。

崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯帝以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将袁崇焕处死于西市。

崇祯曾经让人审问袁崇焕，并都了毛文龙的功劳：早在广宁失陷以前的1621年，正在练兵的游击毛文龙就受王化贞、熊廷弼派遣深入敌后，联络辽民，以牵制和分散后金的兵力，当时他仅率家丁、军士二百余人，按照许多网友的说法真比李云龙还不如，可后来毛文龙就是用这个班底在敌后策动了声势浩大、风起云涌的反抗运动，被后金视作心腹大患，他所创建的东江镇巍然屹立于敌后，成了牵制后金远途作战的一颗钉子，长期制约着后金南侵的步伐。

天启二年（1622年）八月，毛文龙攻克樱桃涡、涡站。

天启二年（1622年）九月，毛文龙的部队攻克满浦、昌城。

天启二年（1622年）十月，毛文龙部攻克永宁等堡。

天启二年（1622年）十月，毛文龙与后金军在凉马佃大战，双方都付出了重大伤亡。

天启三年（1623年）春，后金反攻旅顺毛文龙部被击溃。

天启三年（1623年）毛文龙不断派人深入后金，进行“煽惑”，致使大批辽民“叛去”，投向明朝。后金的许多贝勒大臣都认为：“毛文龙之患，当速灭耳！文龙一日不灭，则奸叛一日不息，良民一日不宁。”

天启四年（1624年）四月，毛文龙沿鸭绿江秘密北上，进入长白山区，在高岭、沙松牌大战中大败后金，后金仅军官就有16人被俘。

天启四年（1624年）七月，毛文龙又于把骨寨、骨皮宏、分水岭三场大战，三战三胜。

天启五年（1625年），海州（辽宁海城）所属张屯的汉人秘密联络明将毛文龙派兵，袭击本屯的满人（《清太祖武皇帝实录》，卷4，8页），同时在这一年，镇江、凤城、岫岩、长岛、双山、平顶山、海州、鞍山、首山、彰义等十余处掀起了反抗后金的武装斗争。

天启六年（1626年）**哈赤攻宁远时毛文龙袭击永宁，后金被迫回师。

天启六年（1626年）宁远之战后努儿哈赤于四月亲率大军征蒙古喀尔喀，毛文龙随即抄袭后方，因后方吃紧**哈赤被迫回师。

天启七年（1627年）正月至四月，后金以空虚沈阳为代价精锐尽出，以重兵对毛文龙的东江镇和朝鲜发动了“丁卯之役”，毛文龙奋起反抗在铁山、瓶山、昌城、鸭绿江取得的“五战而五胜”，但终因袁大人两次抗命、拒绝策应、最终敷衍了事而贻误了抄袭沈阳的战机，致使关宁军在四个月的时间里未能有效策应朝鲜和东江镇，导致朝鲜和后金结为“兄弟之盟”，毛帅被朝鲜驱逐而退守皮岛。

天启七年（1627年）六月，皇太极攻“宁、锦”时毛文龙袭击昌城、辽阳，迫使了后金再次回师。袁崇焕在“宁锦大战”以后还特为毛帅请功：“孰知毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，使非毛帅捣虚，锦宁又受敌矣！毛帅虽被创兵折，然数年牵制之功，此为最烈－－－－－－！”其实毛文龙的功劳远不止这些，太监还在读的时候，袁崇焕已经陷入沉思，很多都没有听的进去。就凭袁崇焕为毛文龙请功这句，最起码他自认为毛文龙在这一次战斗中是个英雄。而他想起杀毛文龙的时候毛文龙也是一个人赴约，再一次见到他的时候还是个英雄。我袁崇焕却将他杀了。袁崇焕没有招人罪状，也没有为自己辩解。他一直在想，毛文龙真的杀错了，蒙古人真不该怜悯。

袁崇焕自认一切为了国家，没有认罪。只是崇祯说出的三点让他颇为悔恨，蒙古兵的无情无义，毛文龙形式的错误评估。至于议和，他认为没有错。

想起毛文龙，袁崇焕内心的悔恨无以言表。他想起帝一次见毛文龙的时候，心中对他的不满于愤恨，却装模作样地跟他谈了很多兵事，而后来见他并杀了他的时候！反而没有得到想要的效果。

袁崇焕被处以凌迟处死，剐了三千五百四十三刀。

史传：明朝法度严明，有“轻其轻罪、重其重罪”一说。明太祖朱元璋感觉重罪的刑罚不够重，比如“凌迟”一刑。古之法度，凌迟有六六三十六刀及三百六十刀两种，多以简单取三十六刀结果性命，即六六三十六个洞之说。。而要刮三百六十刀，则需要用渔网网住人，取刀一片片的将从渔网鼓出来的人肉割去，直至三百六十刀人断气为止。而朱元璋仍感觉不够，觉得至少要刮三千六百刀才够解恨，但当时的刽子手，没有一个能做到，因为刮不到那个数，人就已经死了。后来擂场比武，终于有一个最优秀的刽子手，整整刮了三千五百四十三刀后，离三千六百刀刀还差五十七刀的时候，这个骂声不止的犯人终于断气了，创造了当时的大明律最高纪录，于是《大明律》后来有了新规定：凌迟最重之刑，要刮三千五百四十三刀。

行刑那天，西市聚满了人，成千上万的人朝袁崇焕扔菜叶，扔鸡蛋，扔石头。面对万重的责骂，袁崇焕端跪在囚车里，脑袋挺的很直，他自认为没有错。临行刑前袁崇焕吟下了一首诗：

一生事业总成空

半世功名在梦中

死后不愁无勇将

忠魂依旧守辽东。

明史载：崇焕行经法场前，刽子手一刀一刀的割下其肉，沿途百姓极痛恨辽东靼子，而更恨汉奸行径，于是有钱的捧钱场，富户们大把扔钱向刽子手行贿，竞价争买崇焕之肉“生”食之，没钱的捧人场，穷人们争相从刽子手手中抢来崇焕之肉生食之，一块肉往往又被争抢撕扯成数块，整个场面直比一场“人肉大拍卖”。至法场时，崇焕已气绝，骨肉无存，只余一首（头颅），崇祯皇帝命将其首传视九边（长城上的九个边防关口），以此震慑边将，以禁效尤。

袁崇焕被整整刮了三千五百四十三刀，大万人空巷盛况空前之下，大约有近万人抢到了崇焕之肉而生食之，并以此炫耀为能事。

有记：崇祯二年（公元1629年）袁崇焕被逮捕入狱，囚禁审讯半年后，崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯帝以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将袁崇焕处死于西市。不明真相的京城百姓对袁崇焕恨之入骨，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”。

在陕西的朱媺娖听到了此事，急马回奔，只看到传视九边的袁崇焕头骨。而远在四川的**直到袁崇焕被杀后好久才知道此事。

朱媺娖望着传视九边的袁崇焕头骨，怎么也跟她参与跟皇太极战斗时候见到的袁崇焕联系在一起，她怎么也想不道袁崇焕的骨头都被吃得没有了。怎么也想不道再次见到袁崇焕这个大英雄的时候是在这样在不相见的情况下见面。朱媺娖相信袁崇焕，相信他不是背叛朝廷的人，她站在城门前，怔怔流下泪来。